医療費の試算ノート

医療費控除とセルフメディケーション税制の違いと、選ぶときの考え方

最終確認日:2026-11-14

1年間に医療費や市販薬の購入費がかかったとき、所得税の計算で使える制度に「医療費控除」と「セルフメディケーション税制(医療費控除の特例)」があります。どちらも所得から差し引く「所得控除」ですが、対象となる支出や計算式が異なり、同じ年に両方を使うことはできません。この記事では、国税庁などの公開情報をもとに2つの違いを整理し、どちらを選ぶか考えるときの観点をまとめます。どちらが有利かは人によって異なるため、ここでは判断の材料を示すにとどめます。

計算式の違い

医療費控除の額は、その年に支払った医療費から、保険金などで補填される金額を差し引き、さらに「10万円」と「総所得金額等の5%」のうち少ない方を差し引いて求めます。控除額の上限は200万円です。総所得金額等が200万円未満の人は、5%の額が10万円より小さくなるため、差し引く額も小さくなります。

セルフメディケーション税制の額は、対象となる医薬品の購入費から、補填される金額を差し引き、さらに12,000円を差し引いて求めます。控除額の上限は88,000円です。差し引く額が所得にかかわらず12,000円で固定されている点が、医療費控除との大きな違いです。

項目医療費控除セルフメディケーション税制
対象となる支出医師・歯科医師の診療や治療の対価、治療のための医薬品の購入費など対象医薬品(スイッチOTC医薬品など)の購入費
差し引く額10万円と総所得金額等の5%のうち少ない方12,000円
上限200万円88,000円
その他の要件—健康の保持増進と疾病予防のための一定の取組(健康診断、予防接種など)

要件の違い

セルフメディケーション税制を使うには、その年に健康診断や予防接種などの一定の取組を行っていることが必要です。勤務先の定期健康診断や、市区町村のがん検診なども取組に含まれます。対象となる医薬品は、パッケージなどに識別マークが付いているものや、レシートで対象であることが示されているものがあります。購入した医薬品が対象かどうかは、購入時のレシートや厚生労働省の品目一覧で確認できます。

医療費控除の対象となる医療費は、治療や療養のための支出に限られます。健康診断の費用や、病気の予防・健康増進のための医薬品の購入費は、原則として対象外です(健康診断で重大な疾病が見つかり、引き続き治療を受けた場合などの例外があります)。

併用はできず、申告後の変更もできない

2つの制度は選択制で、同じ年分に両方を使うことはできません。また、いったん一方で確定申告をすると、後からもう一方に切り替えることはできません。申告の前に、両方の控除額を計算して比べておくことが考えられます。

どちらを選ぶか考えるときの観点

一般的には、次のような点を比べることになります。ここで示すのは考え方の整理であり、最終的な判断は税務署や税理士に確認してください。

家族の分と書類の保存

どちらの制度も、自分と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った分を含めて計算できます。申告の際は明細書を添付します。国税庁の案内では、明細書の内容を確認するため、確定申告期限等から5年を経過する日までの間、税務署から領収書の提示または提出を求める場合があるとされています(医療費控除で医療費通知を添付した分を除く)。そのため、領収書はこの期間、手元に残しておくことが考えられます。詳細は国税庁の案内で確認してください。

令和9年分以後の見直し

厚生労働省の資料によると、セルフメディケーション税制は令和9年分以後、スイッチOTC医薬品を対象とする部分は期限のない制度となり、それ以外の対象医薬品は令和13年12月31日まで延長される予定です。あわせて対象品目の追加・除外が行われます。控除額の計算式(12,000円を差し引き、上限88,000円)は変わらないとされています。対象医薬品の範囲が変わるため、令和9年分以後に購入した医薬品が対象かどうかは、その時点の品目一覧で確認してください。

まとめ

医療費控除とセルフメディケーション税制は、対象となる支出・差し引く額・上限・要件が異なり、どちらか一方しか選べません。同じ支出について両方の控除額を計算し、要件を満たしているかを確認したうえで、迷う場合は税務署や税理士に相談することをおすすめします。

出典

出典の最終確認日:2026-11-14。記事の内容は一般的な情報であり、個別の税務判断を示すものではありません。