医療費の試算ノート

高額療養費の支給額は医療費控除で差し引く:関係と計算の流れ

最終確認日:2026-11-14

入院や手術で医療費が高くなった年は、健康保険の「高額療養費」と、所得税の「医療費控除」の両方が関係することがあります。この2つは別々の制度ですが、医療費控除の計算では、高額療養費として支給される額を「保険金などで補填される金額」として差し引くことになっています。この記事では、2つの制度の関係と、計算の順番を数値例で整理します。

医療費控除の「補填される金額」とは

国税庁の案内によると、医療費控除の額は「その年中に支払った医療費の合計額」から「保険金などで補填される金額」を差し引き、さらに10万円(総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5%)を差し引いて計算します。補填される金額の例として、生命保険契約などで支給される入院給付金や、健康保険などで支給される高額療養費・家族療養費・出産育児一時金などが挙げられています。

つまり、窓口でいったん支払った医療費のうち、後から高額療養費として戻ってくる分は、実質的に自分が負担した医療費ではないため、医療費控除の対象から外す、という考え方です。

計算の流れ

  1. 高額療養費の支給額を求める:月ごと・世帯ごとに、窓口負担の合計から自己負担限度額を差し引いた額が支給額です(70歳未満の場合。合算できるのは、医療機関ごと・医科と歯科・入院と外来の別ごとに21,000円以上の自己負担です)。
  2. その年に支払った医療費を合計する:窓口で支払った額をそのまま合計します(高額療養費で戻る前の額)。
  3. 補填される金額を差し引く:高額療養費の支給額、保険の入院給付金などを差し引きます。
  4. 10万円または総所得金額等の5%を差し引く:残った額が医療費控除の額です(上限200万円)。

数値例

次の例は、計算の流れを示すために当サイトで設定した仮の数値です。

ステップ1:高額療養費。2026年7月までの区分ウの式では、自己負担限度額は80,100円+(1,000,000円−267,000円)×1%=87,430円です。支給額は300,000円−87,430円=212,570円になります。

ステップ2:支払った医療費の合計。300,000円+150,000円=450,000円です。

ステップ3:補填される金額を差し引く。450,000円−212,570円=237,430円です。

ステップ4:10万円を差し引く。総所得金額等300万円の5%は15万円で、10万円より大きいため、差し引く額は10万円です。237,430円−100,000円=137,430円が医療費控除の額(概算)になります。

高額療養費を差し引かずに計算すると、控除額は350,000円となり、実際より大きくなってしまいます。申告の際は、補填される金額を忘れずに差し引く必要があります。

注意したい点

補填額は、その医療費の分だけ差し引く

補填される金額は、補填の対象となった医療費ごとに差し引きます。ある入院に対する給付金が、その入院の医療費を上回った場合でも、上回った分をほかの医療費から差し引く必要はありません。

申告時点で支給額が決まっていない場合

高額療養費は、申請から支給まで時間がかかることがあります。国税庁の No.1120 関連の質疑応答では、補填される金額が確定申告書の提出時までに確定していない場合は見込額に基づいて計算し、後日の確定額が見込額と異なるときは修正申告または更正の請求で訂正するとされています。詳しくは高額療養費の支給が確定申告に間に合わないときで説明しています。

窓口負担が最初から限度額までになっている場合

限度額適用認定証やマイナ保険証を使って、窓口での支払いが自己負担限度額までに抑えられている場合は、その月の分について後から高額療養費が支給されないことがあります。この場合、医療費控除の計算では、実際に窓口で支払った額を医療費として合計し、その月の分の高額療養費を差し引く必要はありません。ただし、世帯合算や多数回該当によって後から支給がある場合は、その支給額を差し引きます。

セルフメディケーション税制を選ぶ場合

医療費控除の代わりにセルフメディケーション税制を選ぶ場合、入院の医療費などは控除の対象になりません。2つの制度は併用できないため、高額療養費を差し引いた後の医療費控除の額と、セルフメディケーション税制の額を比べることになります。

ツールでの引き継ぎ

高額療養費の試算ツールで支給見込み額を計算すると、その金額を医療費控除の試算ツールの「補填額」欄に入れた状態で開けます。複数の月に高額療養費がある場合や、ほかの給付金がある場合は、補填額に合計を入力し直してください。結果はいずれも概算であり、最終的な判断は税務署・税理士・加入している保険者に確認してください。

出典

出典の最終確認日:2026-11-14。記事の内容は一般的な情報であり、個別の税務判断を示すものではありません。