医療費の試算ノート

高額療養費の支給が確定申告に間に合わないとき:見込額で差し引く方法と後からの訂正

最終確認日:2026-11-14

入院した年に医療費控除を申告しようとすると、高額療養費がまだ支給されていない、支給額の通知が届いていない、ということがあります。医療費控除では高額療養費を「補填される金額」として差し引くため、金額が決まっていないと申告書を書けないように思えます。この記事では、国税庁の質疑応答に沿って、支給前に申告する場合の考え方と、後で金額が変わったときの手続を整理します。

結論:見込額で差し引き、違っていたら訂正する

国税庁の No.1120 関連の質疑応答では、保険金などで補填される金額が確定申告書を提出する時までに確定していない場合、補填される見込額に基づいて計算するとされています(根拠として所得税基本通達73-10)。後日、確定した額が当初の見込額と異なったときは、修正申告または更正の請求によって訂正します。

つまり、支給を待ってから申告する必要は必ずしもなく、見込額を差し引いて期限内に申告し、確定額が分かった段階で必要に応じて訂正する、という流れになります。

見込額をどう見積もるか

高額療養費の支給額は、月ごと・世帯ごとに、窓口で支払った額から自己負担限度額を差し引いて求めます(70歳未満の場合。合算できるのは、医療機関ごと・医科と歯科・入院と外来の別ごとに21,000円以上の自己負担です)。自己負担限度額は所得区分と総医療費(10割の額)で決まり、2026年8月の診療分から金額が改定されています。

次の例は、計算の流れを示すために当サイトで設定した仮の数値です。2026年6月に入院し、総医療費100万円、窓口負担30万円、所得区分ウだったとします。2026年7月までの区分ウの式では、自己負担限度額は80,100円+(1,000,000円−267,000円)×1%=87,430円で、支給見込み額は300,000円−87,430円=212,570円です。申告時点で支給されていなければ、この212,570円を、その入院の医療費に対する補填額として差し引きます。

加入している健康保険によっては、高額療養費とは別に独自の給付(付加給付など)がある場合があります。その扱いも含め、見込額は加入している保険者に確認できる場合があります。

明細書には医療費ごとに書く

医療費控除を受けるには、領収書から「医療費控除の明細書」を作り、確定申告書に添付します。明細書には、支払った医療費の額と、そのうち保険金などで補填される金額を書く欄があります(国税庁の確定申告の手引き)。様式は国税庁の申告書等の一覧で確認してください。

補填される金額は、その給付の対象になった医療費の額を限度に差し引きます。国税庁の質疑応答事例では、この差し引きは補填の対象となった医療費ごとに行うとされています。給付が対象の医療費を上回っても、上回った分をほかの医療費から差し引く必要はありません。

健康保険の「医療費のお知らせ」などの医療費通知を添付すると、明細書の記載を簡略化できます。この場合も、補填される金額の扱いは同じです。医療費通知を添付しなかった分の領収書は、確定申告期限等から5年間、税務署から提示や提出を求められる場合があります。

確定額が見込額と違ったとき

確定した支給額が見込額より多かった場合、差し引く額が増えて控除額が減るため、納める税額が増える(還付額が減る)方向になります。反対に、見込額より少なかった場合は控除額が増え、税額が減る(還付額が増える)方向になります。国税庁の案内では、どちらの場合も修正申告または更正の請求によって訂正するとされていますが、どの手続に当たるか、期限はいつかは、税務署に確認してください。

限度額適用認定証やマイナ保険証を使い、窓口での支払いが最初から自己負担限度額までに抑えられていた月は、後から高額療養費が支給されないことがあります。その月の分は、実際に支払った額を医療費に含め、支給のない高額療養費を差し引く必要はないと考えられます。世帯合算や多数回該当で後から支給がある場合は、その額を差し引きます。支給の有無は保険者に確認してください。

試算ツールで見込額を求める

高額療養費の試算ツールで支給見込み額を求めると、その額を補填額に入れた状態で医療費控除の試算ツールを開けます。制度の関係は高額療養費の支給額は医療費控除で差し引く、限度額の改定は高額療養費の2026年8月改定で説明しています。ツールの結果は付加給付などを含まない概算です。申告の内容は、税務署・税理士・加入している保険者に確認してください。

出典

出典の最終確認日:2026-11-14。記事の内容は一般的な情報であり、個別の税務判断を示すものではありません。